Πιο συγκεκριμένα για την περιοχή των Κυκλάδων στην πρόσφατη απόφαση της Ελληνικής Κυβέρνησης (Φ.Ε.Κ. 1020/24-5-13), το ΤΑΙΠΕΔ αναλαμβάνει να διαχειρίζεται και να εκποιεί 8 περιοχές σημαντικής οικολογικής αξίας:

Τέσσερις περιοχές υγροτόπων σε Νάξο, Μήλο και Άνδρο που βρίσκονται εντός ορίων περιοχών Natura 2000 (Ειδικές Ζώνες Διατήρησης, από τις οποίες οι 3 και εντός Ζωνών Ειδικής Προστασίας -περιοχών σημαντικών για τα Πουλιά),

Έναν υγρότοπο στη Νάξο που έχει χαρακτηρισθεί καταφύγιο άγριας ζωής,

Τρεις περιοχές υγροτόπων σε Πάρο -Αντίπαρο που έχουν χαρακτηρισθεί προστατευόμενοι ως μικροί νησιωτικοί υγρότοποι.

Σημαντικά τμήματα των υγροτόπων αυτών καλύπτονται από οικότοπους ευρωπαϊκής προτεραιότητας, όπως αναλυτικά για κάθε περιοχή αναφέρεται πιο κάτω.

Για τη μία μάλιστα από τις περιοχές αυτές, τις Λίμνες Αγίου Προκοπίου, έχει ξεκινήσει διαδικασία προκαταρκτικής ενημέρωσης υποψήφιων επενδυτών, σύμφωνα με δημοσίευμα τοπικής εφημερίδας, με προτεινόμενες χρήσεις: ξενοδοχειακό συγκρότημα, εξοχικές κατοικίες, εμπορικές χρήσεις και  συντελεστής δόμησης 0,2 (σε περιοχή που καλύπτεται κατά 76-95% από τον Οικότοπο προτεραιότητας Νο 1150: Παράκτιες λιμνοθάλασσες).

Οι παραπάνω αποφάσεις έρχονται, επίσης, σε αντίθεση και με τον εφαρμοστικό νόμο του Μνημονίου Ν. 3986/2011, σύμφωνα με το άρθρο 11 παρ. 2 του οποίου «δεν επιτρέπεται η αξιοποίηση δημοσίων ακινήτων, τα οποία εμπίπτουν στο σύνολό τους σε οικότοπους προτεραιότητας και σε περιοχές απόλυτης προστασίας της φύσης ή προστασίας της φύσης».

Όπως τονίζει ο Νίκος Χρυσόγελος:

«Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή θα πρέπει να διευκρινίσει αν είναι σε γνώση της οι αποφάσεις της Ελληνικής Κυβέρνησης και αν συναινεί ή συμμετέχει στην εκποίηση περιοχών σημαντικής οικολογικής αξίας στα ευαίσθητα και ήδη πιεζόμενα οικοσυστήματα των ελληνικών νησιών. Οι περιοχές που αποφασίστηκε να ενταχθούν στον κατάλογο προς εκποίηση έχουν πολλαπλά χαρακτηρισθεί ως προστατευόμενες και σημαντικές τόσο από την ευρωπαϊκή όσο κι από την ελληνική νομοθεσία, και η αξιοποίησή τους -έτσι όπως εμφανίζεται να προωθείται- προσκρούει στις νομοθετικές ρυθμίσεις.

Ακόμη περισσότερο όμως πρέπει να τονίσουμε ότι, στο όνομα της οικονομικής κρίσης (ή και ιδιωτικών συμφερόντων) δεν έχουμε κανένα δικαίωμα να θυσιάσουμε την πολύτιμη και απειλούμενη βιοποικιλότητα των ελληνικών νησιών, ούτε να παραγνωρίσουμε τον σημαντικό ρόλο των παράκτιων υγροτόπων για την ισορροπία των ευαίσθητων υδατικών συστημάτων»